Nordborg Marathon ruten er en kuperet rute med 317 højdemeter.

Ruten er 42,4km lang og deraf udgør ca. 25% af ruten grussti, jordstier og natursti. Der er nogle steder lidt trangt på stierne og man skal som deltager være opmærksom på at der er steder hvor der kan være svært at overhale.

Ruten er lagt så man kommer til at se nogle af smukkeste steder af Nordals. Man passerer bl.a. Dyvig der med sine bådehavne og Dyvig Badehotel er en perle i sig selv. Man kommer til at løbe på natursti langs Oldenor, der tidligere var en fjord, men i slutningen af 1700-tallet blev afvandet og anvendt til landbrug. I 1993 blev afvandingen standset og Oldenor er i dag en sø med et rigt fugleliv. Ruten rører kort stien til Gammeldam, hvor man får en fantastisk udsigt ned over Nordborg. Ved Langesø løber man ind på Søstien, der går langs Nordborg Sø og hvor man kommer forbi Nordals Idrætscenter. Kort efter Nordals Idrætscenter, løber man ind på en del af Alsstien mod Havnbjerg. Denne del består af kompakte jordstier og en smule grussti, men er en virkelig flot del af ruten med mange sving og variation.

Det gælder generelt for alle dele af ruten, hvor der er natursti, at der er risiko for at stierne kan være mudret hvis der har regnet op til løbsdagen.